Источниковую базу исследования составляют документы из фондов Российского государственного архива Военно-Морского Флота (РГА ВМФ), расположенного в Санкт-Петербурге. В фондах архива были подробно изучены отчеты по созданию, строительству и участию в боевых действиях Каспийской, Днепровской, Донской, Дунайской и Амурской флотилий, проанализированы сведения о целях, задачах и боевых операциях, в которых были задействованы указанные флотилии, отмечена роль, которую они выполняли во всех русско-турецких войнах, русско-японской войне и Первой мировой войне.
В частности, в ходе работы с архивными фондами РГА ВМФ, особенно ценными оказались рапорты и приказы маркиза адмирала И.И. Траверсе, который в то время занимался делами Дунайской флотилии, на имя адмирала П.В. Чичагова. Эти материалы посвящены присылке на Дунайскую флотилию канонерок из финского Роченсальма, когда Финляндия была уже присоединена к Российской империи, из Санкт-Петербурга, Севастополя и Одессы (фонд 315 «Материалы по истории русского флота», фонд 25 «Фонд адмирала маркиза Траверсе»). В других рапортах маркиза де Траверсе содержатся данные постройках судов уже на самом Дунае (фонд 315).
В ходе работы были изучены донесения на имя командующего Дунайской флотилией капитана 2 ранга Попандопуло, приказания, направленные ему генерал-лейтенантом Зисом, в ходе кампании 1809–1810 годов, ее участие во взятии Измаила, боевых действиях под Браиловым, взятием Силистрии и Рущука (фонд 243 «Управление Главного командира Черноморского флота и портов Черного моря», фонд 1047 «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», фонд 1048 «Артиллерийская экспедиция при Главном управлении Черноморского флота»). Послевоенная судьба Дунайской флотилии также тщательно рассмотрена в рапортах и других документах ее командующего Попандопуло, ставшего к концу войны капитаном 1 ранга (фонд 243).
Изучив документы фондов 8 «Фонд адмиралов Грейгов», 283 «Инспекторский департамент Морского министерства», 315 «Материалы по истории русского флота», 1047 «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», стало возможным выяснить штатный состав Дунайской флотилии в период русско-турецкой войны 1828–1829 годов. Также благодаря документам перечисленных фондов был изучен вклад флотилии в занятие турецких крепостей на Дунае и успешное завершение войны в 1829 году. В частности, по архивным материалам фонда «Материалы по истории русского флота» было изучено, как благодаря активным боевым действиям Дунайской флотилии в ходе войны российским войскам удалось в ходе кампании 1828 года занять турецкие крепости на Дунае Исакча и Браилов.
Согласно указанным архивным документам, Дунайская флотилия вступила в бой с турецкой флотилией у Мачина и одержала над ней победу. После этого Дунайская флотилия согласно документам фонда «Материалы по истории русского флота» приняла участие в штурме крепости Силистрия, в ходе которого произошла вынужденная смена командующего флотилией – с контр-адмирала Завадовского на капитана 1 ранга Патанийоти. Надо отметить, что взять Силистрию даже с привлечением экипажей Дунайской флотилии и смены командующего на более подготовленного удалось лишь к лету 1829 года. Вскоре после этого война закончилась, и согласно материалам этого фонда, корабли Дунайской флотилии отправились на зимовку в Измаил.
Помимо сведений об участии Дунайской флотилии в боевых действиях архивные документы фондов «Материалы по истории русского флота, «Инспекторский департамент Морского министерства» и «Исполнительная экспедиция при управлении Черноморского департамента», свидетельствуют о получении флотилией турецких судов как призовых после ряда побед на Дунае и динамику изменения их численности в ходе всей войны. Согласно имеющимся в них сведениям Дунайская военная флотилия после окончания этой русско-турецкой войны не была расформирована, как и после Бухарестского мира, завершившего русско-турецкую войну в 1812 году, и продолжила свое существование, лишь уменьшив численность корабельного состава.